Στη δυτική Κρήτη, εκεί που είναι τα σημερινά Χανιά, ιδρύθηκε η αρχαία κρητική πόλη Κυδωνία ή ku-do-ni-ja των πινακίδων της Γραμμικής Β΄ και η Κυδωνία των ιστορικών χρόνων. Τα λείψανα του ίδιου του οικισμού στον λόφο Καστέλι και στο κέντρο της σημερινής πόλης έχουν στο μεγαλύτερο μέρος τους εξαφανιστεί από την αλλεπάλληλη οικοδόμηση.
